鹿儿岛线

有时会被称为“鹿儿岛新干线”的九州新干线鹿儿岛线（鹿児岛ルート）连结位于九州北部的福冈（博多车站）与位于九州最南端的鹿儿岛（鹿儿岛中央车站）两大都会区，是一条全线皆采新干线规格（1435mm标准轨）路线的高速铁路。2004年3月13日南段新八代到鹿儿岛中央间开始营运，而北段博多到新八代间的未通车路段，则以行驶于原本鹿儿岛本线上之列车（L特急“接力燕号”）接驳，并以新八代车站作为接驳点。目前通车的南段沿线多山，百余公里的路线上隧道就占了七成的里程，除此之外纵坡度大对于行驶车辆的加速度要求高也是一项特色，为此，JR九州舍弃了新干线系统原本既有的各种车型，而以JR西日本的700系电联车为基础改良，开发出九州新干线专用的800系电联车。

鹿儿岛线全线共设有12个车站，目前通车的是南边5个车站间的路段，基本资讯如下：

路线距离：新八代～鹿儿岛中央间137.6公里（营运里程126.8公里）

轨距：1435mm

复线区间：全线复线

电气化区间：全线电气化（25,000伏特/60赫兹交流电）

运行最高速度：260公里/小时

安全装置：数位自动列车控制装置（KS-ATC）。与东北新干线采用的DS-ATC系统不大相同，九州新干线所采用的系统与东海道新干线的ATC-NS规格相同。

机车调度场：川内新干线车辆中心（川内新干线车両センター）

路线维修基地：出水

行控中心：博多综合指令中心（博多総合指令センター ）

西九州线（长崎线）

在国土交通省原本的整被计划中原称“九州新干线长崎线”（长崎ルート）的这条新干线路线，在2005年10月时被路线通过地区的地方政府（佐贺县与长崎县）自行改称为“西九州线”（西九州ルート），而JR九州为了因应配合也以括号附注的方式改称为“西九州线（长崎线）”。相对于全线皆采新干线规格新建的鹿儿岛线，连结福冈与九州西部大城长崎的西九州线，在规划上显得比较复杂些。西九州线是条以原本在来线部分区间路段（包括长崎本线与佐世保线）配合上新建设的新干线路段（武雄温泉～谏早）混和而成的新路线，因此可能是第一条锁定以轨距可变列车（Free Gauge Train）作为运行主轴的新干线。总长约147公里的西九州线分配的方式如下：

博多 ～ 新鸟栖：与鹿儿岛线共享路线（新干线），区间里程约26公里。 新鸟栖：进行轨距变换由新干线的标准轨转换成在来线的窄轨模式。

新鸟栖 ～ 武雄温泉：使用在来线轨道，区间里程约51公里。包括：

新鸟栖 ～ 佐贺 ～ 肥前山口：沿用稍事改善过线型的长崎本线轨道。

肥前山口 ～ 武雄温泉：沿用稍事改善过线型的佐世保线轨道。

武雄温泉：进行轨距变换，由在来线转换为新干线。

武雄温泉 ～ 嬉野温泉 ～ 新大村 ～ 谏早：行驶于新修筑的新干线路线上，区间里程约45公里。

谏早：进行轨距转换由新干线转换为在来线。

谏早 ～ 长崎：沿用稍事改善过线型的原长崎本线路线（但也可能规划修筑新的新干线路线），区间里程约25公里。

根据日本的法律，新干线新线的开发必须先获得平行的在来线沿线各个自治体（地方政府）的同意，才可以开始建设。但是，由于新路线通过的地区与原本的长崎本线并不相同，因此当西九州线通车时，势必会将原本往来于长崎本线的人潮导引至其他地区，或甚至改为第三部门铁道（第三セクター鉄道）的方式营运，有减弱沿线市镇竞争力的疑虑，因此，佐贺县的江北町与鹿岛市两个自治体迄今（2006年4月）尚未同意新干线的开发，导致纵使第一期工程（武雄温泉～谏早）的预算早已拨下，但却迟迟尚未开工的情况。

※关于九州新干线西九州线的路线规划，请参考长崎县官方网站上的路线图。