铁路

河源市是京九入粤第一市，又是广东省拥有铁路最长的市；铁路有京九铁路、广梅汕铁路。

规划中的赣深高铁（京九客运专线）在境内设有河源东站、和平西站、龙川西站、蓝口西站

公路

国道有205国道、105国道贯通本市，开通高速公路分别有广河高速公路（S2）、惠河高速公路（G35）、粤赣高速公路（G4511）、梅河高速公路（G35）汕湛高速公路（S14）、大广高速公路（G45）等，在建高速有汕昆高速公路（G78）和河惠莞高速公路（G25）和武深高速公路（G4E）和河源东环高速公路和河惠汕高速公路等。

水运

新丰江贯通东西，东江贯通南北并两江在市区交汇，其中东江水运上至龙川，下通惠州、东莞、广州。

机场

白云国际机场河源城市候机楼于2012年12月28日正式开通。